MtDNA Position Conversions

The most widely used mtDNA reference sequence in use at this writing is the Revised Cambridge Reference Sequence (rCRS), and is the reference sequence for the human genome build 37 reference. The newer Reconstructed Sapiens Reference Sequence (RSRS) is expected to become the preferred reference sequence, as it is a psuedo-sequence representing what is assumed the earliest human's mtDNA sequence would be. The rCRS and RSRS sequences both use compatible sequence positioning. The older human genome build 36 reference used the Yoruba Individual (YRI) sequence which, due to insertions and placeholders, does not use the same positioning standard.

23andMe had previously used the human genome build 36 reference as their standard, but as of August 9, 2012 have upgraded their raw data to the human genome build 37 reference. Raw data files downloaded before this date will need to have the positions converted for comparison to rCRS or RSRS standards. Newer raw data files do not require any conversion.

Because there are 3 insertions in YRI relative to rCRS or RSRS, and 1 placeholder in rCRS or 3 placeholders in RSRS, comparing positions between the standards can be tricky. Complicating matters, there are two regions with insertion/deletions and several polymorphisms which can affect positioning. These ranges are rCRS/RSRS 309 through 316 and rCRS/RSRS 16182 through 16194. The positioning conversion used for old 23andMe raw data files is slightly different than the standard positioning conversion used. Microarray technology can also be unreliable for markers at or near an insertion/deletion.

Standard Conversions

Standard Yoruba to Cambridge Conversion

Yoruba	Cambridge
1-309	Same
310	Deleted
311-316	Subtract One
317	Deleted
318-3108	Subtract Two
Deleted	Placeholder at 3107
3109-16194	Subtract One
16195	Deleted
16196-16571	Subtract Two

Standard Cambridge to Yoruba Conversion

Cambridge	Yoruba
1-309	Same
Deleted	Insertion at 310
310-315	Add One
Deleted	Insertion at 317
316-3106	Add Two
3107	Placeholder in Cambridge
3108-16193	Add One
Deleted	Insertion at 16195
16194-16569	Add Two

Old Version 23andMe Conversions

Old Version 23andMe to Cambridge Conversion

Yoruba	Cambridge
1-309	Same
310-311	Deleted
312-3108	Subtract Two
Deleted	Placeholder at 3107
3109-16183	Subtract One
16184	Deleted
16185-16571	Subtract Two

Cambridge to Old Version 23andMe Conversion

Cambridge	Yoruba
1-309	Same
Deleted	Two insertions after 309
310-3106	Add Two
3107	Placeholder in Cambridge
3108-16182	Add One
Deleted	Insertion after 16182
16183-16569	Add Two

SNPs Tested

Below is a table showing the mtDNA SNPs currently available from 23andMe and deCODEme. The Old 23andMe position is what you would find in the old version 23andMe raw data files downloaded before August 9, 2012, and the corresponding Cambridge position is the position as would be referenced by new version 23andMe raw data files and most other research and services. This table is current as of October 2011. Your selection of SNPs may vary depending on which platform(s) you were tested on and when you downloaded your raw data, as 23andMe revises its selection of SNPs from time to time.

Some SNPs have a footnote as they may not be reliable. This depends on the platform version and when the raw data file was downloaded, or because the SNPs are close to an insertion/deletion point. Please see the notes at the end for details.

Table

SNP	Old 23andMe	Cambridge	23v1	23v2	23v3	deCODE
i4001200	3	3		Y	Y
i4001110	7	7			Y
i4001358	9	9			Y
i4000553	26	26			Y
i4001079	40	40			Y
i4001190	41	41			Y
i4000964	43	43		Y	Y
i4001177	46	46		Y	Y
i4000987	49	49		Y	Y
i4000979	51	51		Y	Y
i3001827	52	52	Y	Y	Y
i3001932	53	53	Y	Y	Y
i3002014	54	54	Y	Y	Y
i3002101	55	55	Y	Y	Y
i3002191	57	57	Y	Y	Y
i3000534	58	58	Y	Y	Y
i4001158	59	59			Y
i3000622	60	60	Y		Y
i3000804	61	61		Y	Y
i3000991	62	62		Y	Y
i3001085	63	63	Y	Y	Y
i3001266	64	64		Y	Y
i3001356	66	66	Y
i3001438	68	68	Y	Y	Y
i3001544	69	69		Y	Y
rs3087742	73	73	Y		Y
i3001587	73	73	Y
i4001189	79	79		Y	Y
i3001607	80	80		Y	Y
i4000873	86	86		Y	Y
i4000863	87	87			Y
i3001616	89	89	Y	Y	Y
i3001624	91	91	Y	Y	Y
i3001633	92	92	Y	Y	Y
i3001642	93	93	Y
i3001653	94	94	Y	Y	Y
i3001664	95	95	Y	Y
i3001674	97	97	Y	Y	Y
i3001685	103	103	Y	Y
i3001696	105	105	Y	Y	Y
i3001706	109	109	Y		Y
i3001726	114	114	Y	Y	Y
i3001736	115	115	Y	Y	Y
i3001746	119	119	Y	Y	Y
i3001756	120	120	Y	Y	Y
i3001777	125	125		Y	Y
i3001786	126	126	Y		Y
i4001167	127	127		Y	Y
i3001807	128	128	Y	Y	Y
i3001817	131	131	Y	Y	Y
i3001828	132	132	Y	Y	Y
i3001838	141	141	Y		Y
i3001848	143	143	Y		Y
i3001858	144	144	Y
i3001869	146	146		Y
i3001880	147	147	Y	Y
i3001890	149	149			Y
i3001901	150	150		Y	Y
i3001911	151	151	Y		Y
i3001922	152	152		Y
i3001933	153	153	Y	Y	Y
i4000673	156	156		Y	Y
i3001942	159	159	Y	Y	Y
i4000815	172	172			Y
i4000816	173	173		Y	Y
rs41473347	182	182	Y
i3001445	182	182		Y
MitoC182T	182	182				Y
i3001956	183	183			Y
i3001963	184	184			Y
i3001989	185	185		Y	Y
i3002006	186	186		Y	Y
i3002015	188	188		Y	Y
i3002034	189	189		Y
i3002043	192	192	Y	Y	Y
i3002051	193	193	Y		Y
i3002058	194	194	Y	Y	Y
i3002083	196	196	Y	Y	Y
i3002091	197	197	Y		Y
i3002102	198	198			Y
i3002111	199	199	Y	Y	Y
i3002122	200	200	Y	Y	Y
i3002129	202	202	Y		Y
i3002139	203	203		Y	Y
i3002158	204	204			Y
i3002166	207	207	Y
i3002176	208	208			Y3
i3002184	209	209	Y	Y
i3002192	210	210			Y
i3002200	211	211	Y	Y	Y
i4000952	212	212		Y	Y
i3002211	213	213	Y	Y	Y
i3002219	214	214	Y	Y	Y
i3002227	215	215	Y	Y	Y
rs41531144	217	217	Y	Y	Y
MitoT217C	217	217				Y
i3002253	222	222		Y	Y
i3002262	223	223	Y	Y	Y
i3002267	225	225	Y	Y	Y
i3000535	226	226	Y	Y	Y
i3000546	227	227	Y	Y	Y
i3001447	228	228	Y	Y	Y
rs41323649	228	228	Y
MitoG228A	228	228				Y
i3000561	234	234	Y	Y	Y
i4001195	235	235		Y	Y
rs3937037	235	235	Y
i3000578	236	236	Y	Y	Y
i3000585	237	237	Y	Y	Y
i4001196	238	238		Y	Y
i3000595	239	239	Y	Y
i3000603	241	241	Y	Y	Y
i3000612	242	242	Y	Y	Y
i4001318	244	244		Y	Y
i3000633	246	246		Y
MitoG247A	247	247				Y
rs41334645	247	247	Y
i3001448	247	247	Y	Y	Y
i3000653	248	248	Y	Y	Y
i3000663	249	249	Y	Y	Y
rs41400048	250	250	Y		Y
MitoT250C	250	250				Y
i3000681	251	251	Y	Y	Y
i3000692	252	252	Y	Y	Y
i3000700	254	254	Y		Y
i3000708	257	257	Y	Y	Y
i3000720	258	258	Y		Y
i3000731	260	260	Y
rs2853515	263	263	Y	Y	Y
i4001266	264	264		Y	Y
i4001261	271	271			Y
i4001260	272	272			Y
i4001325	273	273		Y	Y
i4001324	279	279		Y	Y
i4001141	280	280		Y	Y
i4001140	282	282		Y	Y
i4001144	285	285		Y	Y
i4001143	291	291		Y	Y
i4001146	294	294		Y	Y
MitoC295T	295	295				Y
rs41528348	295	295	Y	Y	Y
rs3927813	297	297		Y	Y
i4001198	298	298		Y	Y
i4001199	300	3001			Y
i4001202	304	3041		Y	Y
i4001203	305	3051			Y
i4001011	312	3101			Y
i4001012	315	3131			Y
i4001015	316	3141			Y
i4001073	318	316			Y
i4001072	320	318		Y
i4001075	322	320			Y
i4001039	326	324			Y
i4000894	327	325		Y	Y
i4000958	328	326			Y
i4000959	329	327			Y
i4000957	331	329			Y
i4000762	334	332		Y	Y
i4000764	338	336			Y
i4000821	339	337			Y
i4000823	340	338			Y
i4000518	342	340		Y	Y
i4000956	345	343			Y
rs3883865	348	346	Y
rs28678375	359	357	Y	Y	Y
i4000763	360	358			Y
i3001130	363	361	Y	Y
i3001138	365	363	Y	Y	Y
i4000621	369	367			Y
i3001148	373	371	Y		Y
i3001159	375	373	Y
i3001169	376	374	Y	Y	Y
i3001181	377	375	Y	Y	Y
i3001189	380	378	Y	Y	Y
i3001196	383	381	Y	Y	Y
i3001203	387	385	Y	Y	Y
i3001212	392	390	Y	Y	Y
i4001272	393	391		Y	Y
i3001222	398	396	Y	Y
i4001022	400	398		Y	Y
i3001230	401	399	Y	Y
rs28412942	410	408	Y
i3001258	416	414			Y
rs28607510	419	417	Y
i3001267	422	420	Y		Y
i3001275	433	431	Y	Y	Y
i3001285	434	432	Y		Y
i3001295	446	444	Y		Y
i3001313	449	447		Y
MitoC458T	458	456				Y
i3001322	458	456	Y
i3001450	458	456	Y	Y	Y
rs41356551	458	456	Y	Y
i4001114	460	458		Y
i3001329	463	461	Y	Y	Y
rs41402146	464	462	Y
MitoC464T	464	462				Y
i3001451	464	462	Y	Y	Y
i4001179	466	464			Y
i4001239	468	466		Y	Y
i3001357	471	469			Y3
i3001367	473	471	Y
i3001374	477	475	Y	Y	Y
rs41442247	479	477	Y	Y	Y
MitoT479C	479	477				Y
i3001390	484	482	Y	Y	Y
i3001399	487	485	Y	Y
rs28625645	491	489	Y	Y	Y
MitoT491C	491	489				Y
i3001416	493	491	Y	Y
i4001046	495	493		Y	Y
i3001439	497	495	Y	Y	Y
rs28660704	499	497	Y	Y	Y
i3001453	500	498	Y	Y
rs3901846	501	499	Y	Y	Y
i3001459	503	501	Y		Y
i3001466	504	502	Y	Y
i4000982	509	507		Y	Y
i3001472	510	508	Y	Y	Y
i4000976	513	511		Y	Y
i3001478	514	512	Y	Y	Y
i3001486	515	513	Y
rs28661787	517	515	Y
i4000853	519	517		Y	Y
i3001489	529	527	Y	Y
i4000734	532	530		Y	Y
i4000731	535	533		Y	Y
i4000657	537	535		Y	Y
i4000652	539	537		Y	Y
i3001503	543	541	Y	Y
i3001504	544	542	Y	Y	Y
i4000535	549	547		Y	Y
i3001508	551	549	Y	Y	Y
i3001514	562	560	Y	Y
i3001519	564	562	Y		Y
i3001524	572	570	Y
i4000610	575	573			Y
i3001532	577	575	Y		Y
i3001935	595	593	Y	Y	Y
i4001050	597	595		Y	Y
i3001936	631	629	Y
i4000662	635	633			Y
rs28608982	643	641	Y
i3001937	657	655	Y	Y	Y
i4001317	658	656		Y	Y
rs3937039	665	663	Y	Y	Y
rs28658038	669	667	Y	Y	Y
i4000545	671	669		Y	Y
i4001371	682	680		Y	Y
i3001938	683	681	Y		Y
i3001939	691	689	Y	Y	Y
rs28376380	705	703	Y	Y
i3001940	711	709	Y	Y	Y
rs28358568	712	710		Y	Y
i3001941	712	710	Y
i3002610	712	710	Y
i3001943	713	711	Y	Y
i4000551	721	719		Y	Y
i4000603	723	721		Y	Y
i3001944	724	722	Y	Y	Y
i4000807	741	739		Y	Y
i3001945	744	742	Y		Y
i3001946	747	745	Y		Y
rs2853518	752	750	Y	Y	Y
MitoG752A	752	750				Y
i3001948	754	752	Y	Y	Y
rs28521334	759	757	Y		Y
i3001949	771	769	Y	Y	Y
rs2853519	771	769	Y	Y
i4001063	772	770		Y	Y
i4001061	774	772		Y	Y
i3001950	791	789	Y		Y
i4001132	795	793		Y	Y
i3001951	796	794	Y
i3001952	815	813	Y	Y	Y
rs2853520	827	825	Y	Y2
i3001954	829	827		Y	Y
MitoA829G	829	827				Y
i4000990	852	850		Y	Y
rs28502491	853	851	Y	Y	Y
i4001047	858	856		Y	Y
i4000865	870	868		Y	Y
i4000866	871	869		Y	Y
i4000930	872	870		Y	Y
rs28408820	917	915	Y	Y
rs28358570	923	921	Y	Y	Y
rs28377377	929	927	Y		Y
i3001955	932	930	Y	Y	Y
rs28579222	944	942	Y	Y	Y
i3001957	953	951	Y	Y	Y
i4000838	955	953		Y	Y
i3001958	956	954	Y	Y	Y
i4000915	958	956		Y	Y
rs3888511	963	961	Y	Y	Y3
i3001959	966	964	Y	Y	Y
i3001960	981	979	Y	Y	Y
i4000684	982	980		Y	Y
i3001961	1007	1005	Y	Y	Y
i3001452	1020	1018	Y	Y	Y
MitoG1020A	1020	1018				Y
rs2856982	1020	1018	Y
i3001962	1043	1041	Y	Y	Y
i3001964	1049	1047	Y	Y	Y
rs2000974	1050	1048	Y	Y	Y
MitoC1050T	1050	1048				Y
i4000628	1097	1095		Y	Y
i3001965	1109	1107	Y	Y	Y
i4000573	1119	1117		Y
i3001966	1121	1119	Y	Y	Y
i4001170	1150	1148			Y
i3001967	1162	1160	Y	Y	Y
rs28477561	1170	1168	Y	Y	Y
rs28358571	1191	1189	Y	Y	Y
MitoT1191C	1191	1189				Y
i3001968	1192	1190		Y	Y
i3001969	1194	1192	Y	Y	Y
i4001018	1195	1193		Y	Y
rs28495504	1196	1194	Y	Y	Y
i4000707	1213	1211		Y
i3001970	1218	1216	Y
rs28673326	1219	1217	Y		Y
i3001972	1228	1226	Y		Y
rs28358572	1245	1243	Y
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i4001120	16203	16201		Y	Y
i4001121	16205	16203		Y	Y
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i4001126	16209	16207		Y	Y
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i3001728	16236	16234	Y	Y	Y
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i3001743	16248	16246		Y	Y
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i3001745	16250	16248	Y	Y	Y
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i3001793	16285	16283	Y	Y	Y
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i3001829	16312	16310	Y	Y	Y
rs34799580	16313	16311	Y	Y	Y
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i3001832	16316	16314	Y	Y	Y
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i4000564	16342	16340			Y
i3001861	16344	16342	Y	Y	Y
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i3001539	16393	16391	Y	Y	Y
MitoG16393A	16393	16391				Y
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i3001920	16472	16470	Y	Y	Y
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i3001923	16475	16473	Y
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i4000756	16542	16540		Y	Y
i4000755	16550	16548			Y
i4000759	16569	16567			Y

Notes

1. This SNP is near an insertion/deletion and may yield unreliable results or show a result at an incorrect position.

2. 23andMe changed their interpretation of several mtDNA SNPs on their v2 chip after 2010-03-26. Prior to this, some SNPs were known to have common mis-calls. It should be assumed that results for these SNPs are likely to be incorrect in older raw data files. Please download a current copy of your raw data to ensure more accurate results.

3. 23andMe's v3 chip has some SNPs which are known to have common mis-calls. As of September 2012, these SNPs have not yet been corrected. The results of these SNPs are likely incorrect and should be ignored until this is fixed by 23andMe.